Le 25 décembre 1979, les troupes de l’URSS envahissaient l’Afghanistan, investissant les villages, bombardant les maisons en utilisant des bombes au phosphore, obligeant les populations à fuir. Les États-Unis réagissaient contre l’URSS mais aussi contre les intérêts du peuple afghan. Alors que l’opposition au gouvernement de Daoud Khan était multiple, ils appuyaient les groupes les plus réactionnaires. Pour leur fournir une assistance militaire, les dirigeants des États-Unis s’adressèrent à une dictature alliée, celle du Pakistan voisin, qui devint le troisième bénéficiaire de l’aide militaire américaine derrière Israël et l’Égypte.

La CIA s’appuya donc sur les services secrets pakistanais. Pour ceux-ci, Haqqani avait un profil intéressant. Islamiste radicalisé, il avait déjà organisé une rébellion contre le pouvoir de Daoud en 1975, avant l’intervention soviétique, et il prenait une part active dans la guerre contre l’URSS à partir de deux fiefs, l’un au Pakistan, l’autre en Afghanistan. Un membre du Congrès américain lié à la CIA le décrivait alors comme « la bonté personnifiée ».

En février 1989, les troupes soviétiques durent quitter l’Afghanistan, après un enlisement comparable à celui qu’avaient connu les troupes françaises en Algérie ou américaines au Vietnam. Trois ans plus tard, le régime politique afghan se désagrégeait après le ralliement d’une grande partie de la police et de l’armée à différentes factions islamistes. Ministre de la Justice dans le « gouvernement islamiste » installé avec l’appui américain, Haqqani se mit ensuite en retrait lorsqu’éclata une guerre entre factions rivales, avant de revenir en 1996 comme ministre des Frontières, et des affaires tribales en 1996 quand le mouvement taliban, lancé par les services secrets pakistanais, réussit son assaut contre la capitale de l’Afghanistan, Kaboul. Haqqani développa alors ses contacts avec les islamistes étrangers et devint l’hôte et l’ami d’Oussama Ben Laden, le fondateur d’Al-Qaida. Le régime des talibans qui imposa une dictature moyenâgeuse, en premier lieu aux femmes, fut salué alors par les États-Unis comme susceptible de ramener la stabilité politique en Afghanistan.

Ce n’est qu’après les attentats du 11 septembre 2001 que l’attitude du président américain, Bush, changea du tout au tout. Une expédition militaire américaine renversa en cinq semaines le régime des talibans, débouchant sur une occupation militaire qui se poursuit encore aujourd’hui. Quant aux groupes talibans, dont celui que dirigeait Haqqani, ils contrôlent la moitié des districts du pays et poursuivent leurs raids meurtriers à Kaboul.