La meilleure arme dont on peut disposer à l'heure actuelle contre la grippe est la vaccination. Elle est utilisée depuis des dizaines d'années contre la grippe saisonnière. Elle est conseillée avant tout aux personnes âgées ou fragiles et au personnel de santé, et pratiquée de manière ciblée.

Jusqu'à présent, on n'a jamais vacciné toute la population pour tenter d'enrayer une épidémie de grippe. C'est aujourd'hui envisagé, y compris par l'OMS, pour la pandémie de grippe A (H1N1) 2009.

La première limite à la réalisation d'un tel projet est l'incapacité de produire suffisamment de vaccins dans le monde. La capacité de production est évaluée à 3 milliards de doses ce qui, dans le meilleur des cas, permettrait de vacciner la moitié de la population mondiale. Les pays riches ont acheté par avance la plus grande partie de la production. Les vaccins manqueront cruellement dans les pays pauvres, qui sont également ceux où la grippe risque d'être la plus dangereuse étant donné les conditions de vie et le délabrement des systèmes sanitaires.

Et puis, les laboratoires se sont livrés à une véritable course pour sortir leur vaccin le plus vite possible. Pour cela, certains ont utilisé des techniques utilisant des adjuvants qui accroissent la réponse immunitaire et qui permettent de fabriquer quatre fois plus de doses de vaccins pour une même quantité d'antigènes viraux obtenus à partir de virus cultivés sur des oeufs de poule. De telles techniques n'ont jamais été utilisées sur des populations de millions de personnes et il est possible que, lors d'une vaccination large, des effets secondaires, déjà suspectés pour d'autres vaccins suractivés, apparaissent en plus grand nombre. D'où les réticences, voire les oppositions d'un nombre important de médecins et de personnels soignants à se faire vacciner, car le jeu n'en vaudrait pas la chandelle, et le risque d'effets secondaires serait pire que le mal.

Le gouvernement français, qui a acheté 94 millions de doses, compte se lancer dans la vaccination de masse de la population. Outre les effets secondaires éventuels, le principal problème réside dans la difficulté de vacciner autant de monde en quelques mois. Il n'y a pas en France de structure sanitaire pouvant effectuer cette opération. Le gouvernement prévoit donc la création en urgence d'un millier de centres de vaccination. Ceux-ci seront situés dans des locaux réquisitionnés pour l'occasion, comme des gymnases, avec un personnel lui aussi réquisitionné composé d'étudiantes infirmières, de médecins retraités, du personnel de certaines communes ou d'autres membres du personnel de santé qui ne seraient pas débordés par leur propre travail.

Cette organisation de bric et de broc risque bien de ne pas offrir des conditions de sécurité suffisantes pour réaliser des millions de vaccinations. Il aurait peut-être été plus raisonnable de se contenter d'une vaccination de ceux qui présentent des risques de faire des formes graves de la maladie. Vaccination qui pourrait se faire comme celle de la grippe saisonnière, c'est-à-dire sous le contrôle des médecins traitants.